立法會工務小組委員會於5月17日開始進入討論東大嶼人工島填海工程的規劃及工程研究撥款5.5億元申請。多名議員對東大嶼人工島的環境、交通可行性提出質疑，然而政府官員均「hea答」。加上立法會秘書處配合不斷加會，甚至連續開會四小時。守護大嶼聯盟召開記招，希望帶出人工島項目的不可行，呼籲議員在會議上盡力提問，反對撥款申請。
房產發展研究中心創辦人姚松炎博士指香港政府未能確保採購海砂的環評監察，更加顯示海砂供應出現斷流，應該重新考慮採用其他更可行的土地供應方法。在5月22日的工務小組會上，朱凱迪議員詢問有關如何確保砂的供應不會影響別國的環境，官員及主席回覆稱綠色採購確保別國符合環評。姚松炎博士今日舉例，菲律賓政府4月時禁止一艘中國船員的採砂船在菲律賓Batangas-Lobo進行採砂供應香港機場三跑工程，原因正正是未能獲得合法的環評證書。但立法會匯報有關機場第三跑道的填海進度文件並未提及菲律賓政府禁止船隻為機三跑採砂事件，更寫道『承建商已確定目前掌握的砂源，能供應足夠填料予三跑道系統項目的填海工程。主要承建商一直以來以從内地進口的機制砂為主，輔以本地公眾填料，以及從其它不同地區包括馬來西亞及菲律賓進口的填料。』(立法會，2019），懷疑機管局欺騙立法會議員，令人不禁懷疑機三跑的填海工程砂料供應是否足夠。
姚松炎博士又引述傳媒報導，採砂船在菲律賓的2008年合約已經無效，而且該船未領有採礦批文，最近在2019年2月的申請批文被拒，菲律賓環保局官員證實至今未有新批文申請。另有文件顯示該艘船隻在菲律賓Lobo河採砂200萬立方米，每噸$2，用於香港機場第三跑道：
“The contract [Seagate] signed in 2008 was superseded by the 2012 contract. They did nothing so we continued with the new contract, which was signed by the previous mayor and by FS Suntan.” (ABS-CBN, 2019b)
“Manalo said. The local government approved a memorandum of agreement with the ship, but that does not mean that their operations are already approved, the mayor said.“
“The Department of Environment and Natural Resources earlier said it suspended the vessel's dredging operations for failing to secure clearance from the Mines and Geosciences Bureau.”(ABS-CBN, 2019c)“One document dated Feb. 28, 2019, seen by the Inquirer was a purchase order made by a company called Synergy Plus Holdings Ltd. to Seagate for the purchase of 2 million cubic meters of Lobo River sand for $2 per metric ton “at source” to be used for the Hong Kong International Airport Three Runway System Project.”(Inquirer, Apr 3, 2019a)
“Antiporda said Seagate’s ECC was suspended because it failed to comply with the other requirements for almost a year now. These include permits for mineral ore export, operation and transport. Antiporda said the mineral ore export permit was denied in February 2019, while the company had not yet applied for the two others.”(Inquirer, 2019b)
另外東大嶼填海關注組任憲邦先生認為政府指1000公頃的填海填料供應沒有問題是過份樂觀。現時的海砂供應愈來愈少，不單是越南、柬甫寨、馬來西亞及菲律賓，中國亦停止出口海砂。廣東今年已沒有出口海砂到香港，廣西亦因環境問題沒有批准。
任憲邦補充惰性物料亦有其限制，需要較長時間沉降。政府指人工島填海總共需2億5千至3億噸物料，若如土木工程拓展署署長劉俊傑先生所言一半物料可用惰性物料，則會令人工島基礎嚴重不穩定。如港珠澳過境人工島只用25%都有土層不穩問題，而三跑都只有10%是惰性物料。而惰性物料更需要分揀處理，東涌的填海每日只可用1萬公噸，遠比每日所需填料少。以此推算，即要34年的填料才足夠，然而未來的拆樓數量和惰性廢料來源仍未有保證。另外，他亦有提出機砂要開山僻石，會帶多更多環境問題，如廣東新會的石礦場。