16個環保團體，就龍尾人工泳灘工程，刻意淡化龍尾泥灘的生態價值，以及沒有正視泥灘水質欠佳的問題，向申訴專員公署作出申訴。
申訴主要對象是土木工程拓展署、環保署及康樂文化事務署，沒有詳盡及專業地指出以下各點：
(1) 政府低估生物數量及價值
土木工程署所進行的環評，只錄得百多種生物，這和民間所進行的生態普查，相距甚遠。
香港自然生態論壇指出，200米天然海岸線，有200多種海岸生物，生態價值絕非低！被發現的具保育價值的物種，並非如顧問報告補充資料所說的只得3種，而是多達18種！工程除了摧毀龍尾海岸生物，搬遷生物過程亦可能為附近接收生物的地方構成大災難。
其中該組織成員最早於2009年，在龍尾灘發現4隻兩大兩小的海馬，包括體長4cm的幼魚及10cm的成魚，同屬為管海馬(學名:Hippocampus kuda) 。自此直至今年9月，論壇成員已多次在同一地點發現有不同大小的管海馬，也發現過自然死亡的個體，充分顯示龍尾灘是一小族群管海馬的棲息及繁殖地。可惜，政府各部門並沒有正視該泥灘存在稀有物種。
(2) 泥灘水質長期欠佳
環保署資料顯示，該泥灘2011年12月水質極差，1月至11月水質欠佳。
而於2012年9月，香港自然生態論壇進行的水質樣本化驗發現，大腸桿菌含量超標26倍。
政府預計泳灘在運作時，將能符合大腸桿菌的水質指標，及在大部份時間（高於86%）達到二級（一般）或三級（欠佳）泳灘水質的一個可被康樂及文化事務署接受的水平。
根據政府於顧問報告的評估，全年有51日水質超標，不宜游泳，有可能要封灘。
可惜，政府在向立法會申請撥款時，並沒有強調這點。
(3) 泥灘淺水，只能成為「戲水灘」
政府於2001年建築署的顧問報告及2007年的環評報告顯示，龍尾泥灘若遇上低潮，水深太淺不適合游泳；在夏季的時候，龍尾的退潮時間多為下午至黃昏，亦即是泳客到訪的高峰時間。
同樣地，政府在向立法會申請撥款時，並沒有提出最終泳灘其實是一「戲水灘」。
(4) 政府迴避海沙流失問題
全球人工沙灘的失敗例子眾多，而香港第一個人工泳灘黃金海灘，面對沙灘之沙粒嚴重流失的問題。況且，每年的颱風亦會將人工沙沖走，要不斷補沙，浪費公帑，絕對不持續。
政府迴避了沙流失的可能，以及補沙所費不菲，要公帑埋單，納稅人付鈔的問題。
圖一: 龍尾灘是一小族群管海馬的棲息及繁殖地。現時所有海馬皆是《瀕危野生動植物種國際貿易公約》（CITES）附錄II中受保護的8種魚類之一，其他包括大白鯊、鯨鯊等。管海馬亦已被國際保育聯盟(IUCN)列為易危物種，與鯨鯊、大白鯊同級。香港是《瀕危野生動植物種國際貿易公約》締約地區，需履行《公約》而制定了《保護瀕危動植物物種條例》，限制瀕危物種的貿易。同時，香港需覆行聯合國《生物多樣性公約》（Convention on Biological Diversity），盡力保護生物多樣性，確保生物資源可持續利用，以法例或其他措施保護瀕危物種。（攝影：SimFish）
圖二：豹鰨屬於僅在龍尾發現的香港新紀錄魚種。這條幼魚顯示龍尾是牠們的繁殖場。（攝影：獵隼）
圖三：龍尾水質極差，大腸桿菌含量超標。每1000人游泳，就可能有15人感到不適。（攝影：Carol Kwok）