「香港獨立媒體網」之名，係咪真係咁難明？有人便笑言網站應該要改名，改做在香港及獨立之間加一些標點符號，例如「香港／獨立媒體網」，釋卻「誤會」。
其實這亦難怪，獨媒近年的 facebook 專頁，便不斷遭到洗版負評，批評的內容節錄部份如下：
「独立要流血的，你们有那个魄力吗？」「有种7.1站街的时候自燃，为了独立，死一个你，唤醒更多的人，多值啊。」
「外國勢力做導演，中國香港港獨分子做演員，無非就給別人看的，演技差……」
「以香港独立之名哗众取宠炒作提高自己身价，这种人太恶心了。」
「据我所知，97年回归大陆的是香港这片土地，一国两制只是为了做给台湾看的，如果不想当中国香港人，请离开这片土地就好了啊，哪有那么复杂啊？不出十几年，香港中国金融中心的位置必将被取代，那么2025年，香港基本在中国就好像是广东普通成长水平咯，科科」
近年銀行稱為監管洗黑錢問題，收緊開設銀行戶口的條款，而特別是本土派組織要開設銀行戶口，幾乎無一成功。獨媒近年在開設銀行戶口時，亦遇到頗大的問題，銀行方面要求的資料及提出的要求亦多，有律師朋友便笑言是因為你們的名字，以為你們「搞獨立」。
獨媒成立於2004年，之所以叫「香港獨立媒體網」，要強調的三個意思，第一是立足香港，關注本地民主及社會運動。第二自是「獨立媒體」，網站當年成立正是參與了其他地方的獨立媒體運動，「獨立」的意思，是要獨立於政府、財團的影響。選取這個名字亦與當年的社會環境——2003年七一大遊行後，媒體自我審查惡化、兩位「名嘴」鄭經瀚及黃毓民先後被迫封咪有關。第三是「網」，2004年是一個沒有 facebook、智能手機及網絡未算普及的年代，「網」字強調的是「網絡媒體」的身份。
好了，咁今日的獨媒是否搞港獨？不少網民的答案是：獨媒是「左膠」，點會搞港獨？
「左膠」是否一定反對港獨，其實亦不然——在不少人眼中「自決派」及民主運動參與者亦被視為港獨、不愛國的一種。
媒體有立場，今日而言幾乎是常識，獨媒的宗旨亦表明推動香港民主運動和社會運動，這段文字一直放在網頁。要問獨媒的問題，應該是「你地係咪媒體？」獨媒的回應是，「係」。獨媒會繼續堅持以媒體的行為守則進行採訪，而展現立場的方式是基於事實的報導以及選取的新聞重點。媒體的行事方式之一，便是遵從公眾利益，以維護言論自由及新聞自由為己任。不論是港獨、自決或一國一制的所謂「違反《基本法》」政見，均不應被查禁或自我審禁。