性別承認諮詢接近尾聲，政府就終審法院有關W案的裁決之後，跟進是否需要制定有關性別承認的法例，例如參考英國的性別承認條例，處理香港類似的需要。文件二百多頁，列出不同國家地區的處理方法，以及需要討論和考慮的各個點，邀請各界表達意見。
如純粹從傳統基督教的角度來考量，男女兩性是上帝創造的原意，在醫學未發達之前，也沒有所謂「更改」的可能。但到今天，就算醫學進步了，有了變性手術，實際上也改不了男女最本源的染色體，只能改變外觀，看起來像另一個性別。說得白一點，其實就是整容手術，讓自己看起來變成另一個性別。而這手術最大的後遺症，就是永遠失去生育能力。可見單純從信仰角度看，有人會積極反對變性手術，甚至要求禁止，也反對立甚麼性別承認法，因為只有男女兩性，簡單清楚，亦是社會的基礎組成部份，不能撼動。
上述立場簡單清楚易明，政治正確，但我們認為這未必是最適合香港現況的選擇。我們在過去幾個月訪問了一些變性和跨性別的朋友，我們看到他們的掙扎，也學著明白他們的難處。我們知道想做變性手術的，當中不少患有性別焦燥症，不能自已的想成為另一個性別的人，會不惜一切，用盡可行的方法去做。這類人雖然是少數，但他們在生活上面對的困難亦不能忽視。我們認為在現行制度中，可以考慮在不傷害男女兩性的框架下體諒他們一些實際需要。例如我們建議在他們正式進行手術前的兩年真實生活體驗期間，可以發出一份有限制的臨時身份證明文件，方便他們在一些需要出示身份證明文件的場合，可補現時只有醫生紙作證明的不足。此外，我們也認為雖然現在已經有變性手術的存在，作為一種醫療方法，但必須嚴謹地判斷和小心地執行，盡量用非手術的方式幫助他們，減少不必要的永久性傷害。
驟眼看來，似乎立場相反了，一個反對變性手術，不給予任何變性人士身份的承認，另一個嚴謹地容許變性手術出現，又給予他們臨時身份證明文件，但實際上大家同樣認為男女兩性基本組成不能撼動，同時亦反對任何不經醫生、自我聲稱就能更改身份證性別的模式；也一同反對訂立性別承認條例。
兩者立場在變性手術和變性身份上有所不同，是甚麼原因呢？
我們承認，信徒住在世上，是一群少數，我們亦早就離開中世紀，只是多元聲音的其中一元。我們尊重、聆聽不同的聲音和意見，並知道最後大家是一起跟著相同的規則共存的，所以與其高舉自身的需要，大搞身份政治，我們更多的是共善的想像。所以，我們雖然反賭波，但明白賭博在這個社會亦難以禁絕，只能有規範地進行，以減少其傷害；我們反對性傾向歧視條例，但對同性戀者不同的需要，在可行的情況下，我們應該給予支援，應該要有第三條路給他們處理日常生活的需要，他們要是面對伴侶之間的暴力問題，應該有法例幫助他們。
有人認為明光社的倫理觀既不全是義務論，也不全然是目的論，是一個四不像，古怪的東西。這說法並非全無道理。因為面對不同的爭議，我們每次總是要努力平衡各方的意見，要有更大的想像，期望可以協助社會走向共善。既要擇善固執，亦要彈性處理，如此才能面向社會，而不是築起教會的四面圍牆，自我封閉。
教會不贊成的一些行為，在社會政策上未必需要全然禁絕。而做了一些我們不贊同其決定的人，更不應全然拒絕。我們不贊成的只是一些行為，但仍然要關心作出此決定的人。