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不單在香港，在日本，填海也相當具爭議性。
第二次世界大戰後，美單在日本沖繩設置基地（普天間基地），但基地一直惹來爭議，因基地位於市中心，噪音、污染等非常影響附近居民生活，加上90年代，曾有美軍隊員強姦一名12歲的沖繩女孩，引來居民對安全問題的擔憂和大規模示威，不少沖繩人都希望美軍基地永久遷出沖繩。
另一邊廂，美日政府由1996年一直計劃以填海方式，將基地遷至較遠離民居的名護市邊野古地區，但受到不少沖繩人反對，今年9月，反對遷移基地至邊野古的玉城丹尼（玉城デニー）以高票當選沖繩知事，反映反對搬遷計劃的民意。
邊野古地區的海洋內有多種珊瑚、全沖繩最大的海草牀，還是瀕臨絕種生物的儒艮的棲息地。根據日本防衛省的資料，邊野古沿岸地區共有5806種生物，其中262種為瀕臨絕種，雖然政府曾提出可以「搬遷珊瑚」（與前幾年港府搬遷大埔龍尾海馬之説有異曲同工之妙），但不少人仍擔心160公頃的填海會嚴重破壞當地生態。
面對強烈的反對聲音，政府仍堅持填海，前幾天開始將砂土倒入邊野古海洋，引起沖繩人極大的憤怒。甚至有市民開設白宮聯署，要求特朗普在沖繩舉行公投之前暫停填海工程，實踐民主精神。不少知名人士，包括藝人Rola、導演塚本晋也亦有呼籲市民參與，至今已有超過13萬人聯署。