繼統計處調查涉造假，環境保護署亦涉竄改數據誤導公眾。環保署於2012年停止公布龍尾水質趨勢圖一整年。該署於2013年2月4日公布最新的龍尾水質趨勢圖，列出2000-2013年初的水質走勢，但與2012年初公布的2000-2011年水質趨勢圖比較，赫然發現，2011年底，原本大腸桿菌嚴重超標，水質達「極差」級別直線向上的數據線，疑給竄改了向下！
同時，翻查龍尾2010及2011年3月至10月的泳季完整水質資料，發現每個月都出現不達標情況，達「欠佳」或「極差」級別，每千名泳客有超過 11 宗皮膚及腸胃病感染個案。政府為讓龍尾人工泳灘工程上馬，可以接納錯漏處處的環境影響評估報告，漠視龍尾灘的生態價值，現在甚至涉嫌竄改水質數據！守護龍尾大聯盟對此極度失望！強烈要求政府公開水質調查方法及原始數據，讓公眾知悉水質的真相！在有意義的基礎上討論！
環境保護署聲言定期公布龍尾的水質可讓公眾一同監察水質改善的進度。然而，守護龍尾大聯盟發現該署數據處處自相矛盾，有玩弄數字之嫌。除了2011年底水質「極差」的數據線被消失，翻查龍尾2010及2011年3月至10月的泳季完整水質資料，發現每個月都出現不達標情況，達「欠佳」或「極差」級別，每千名泳客有超過 11 宗皮膚及腸胃病感染個案。
政府於2月4日公布的最近三年泳季 (2010 至 2012年) 泳灘等級分布，亦指出龍尾水質分別為：「極差」（22%）、「欠佳」（57%）、「一般」（22%）（見下圖）。近8成日子的水質不宜游泳。政府堅稱水質一直有改善，2012年的完整數據則欠奉，只籠統含糊提供3年簡略數字，未能讓公眾監察水質實況。
若一如環保署回應傳媒查詢所言：「隨着龍尾水質於2012年4月至10月的泳季期間顯著改善，從而將該年初的『極差』級別，提升至泳季後期一連數星期的『一般』級別。」這22%「極差」級別的水質又從何而來？
龍尾的水質在2010及2011年3月至10月的泳季，每月均有超標數字，其中2011年9月數字雖然沒有超標，卻只做了2次樣本測試，未達水樣本應每月抽取最少3次的要求。環保署監察水質的工作的嚴謹程度成疑。守護龍尾大聯盟強烈要求政府公開水質調查方法及原始數據！
環保署在網頁指出，為了保障泳灘的水質，當局按照水污染管制條例而訂立了一個水質指標。這個指標是以3月至10月收集到的所有海水樣本中的大腸桿菌幾何平均含量計算，每100毫升海水的大腸桿菌不應超過180個，如大腸桿菌數量超出這水平，因游泳而感染輕微疾病的個案會顯著地增加。水樣本應每月抽取最少3次，而每次抽樣相隔3至14天。此指標適用於香港水域內所有泳灘，訂定於80年代後期。
根據指標，每100毫升海水的大腸桿菌181 - 610個，水質屬「欠佳」級別，每千名泳客有 11 至 15 宗皮膚及腸胃病感染個案。每100毫升海水的大腸桿菌超過 610個，水質屬「極差」級別，每千名泳客有超過 15 宗皮膚及腸胃病感染個案。
資料來源：
2012年公布龍尾水質趨勢圖
2013年公布龍尾水質趨勢圖
龍尾水質數據
龍尾最近三年泳季（2010至2012年）泳灘等級分布圖